胚胎染色体基因异常：这是自然流产最常见的原因。染色体异常导致的流产几乎占所有流产的2/3，染色体异常的胚胎多数会发生胚胎退化甚至消失，即使极少数发育成胎儿，孩子出生以后也会有畸形或一些器官功能异常。
外界的不良刺激：影响胚胎的外界因素比较多，如镉、铅等重金属，有机汞、甲醛、苯、DDT等化学物质，还有放射性物质、电离辐射等，孕妈妈接触后，会直接作用或通过胎盘影响胎宝宝，使其发育受损，发生流产。
孕妈妈因素：内分泌失调;甲状腺功能减退、严重的糖尿病等;全身性疾病，如严重的感染等;子宫发育不全，宫颈功能不全，子宫颈内口松弛;母胎血不合。
精神因素：孕妈妈精神紧张、压力大、多思多虑也会增加流产的风险。